Pembangunan infrastruktur transportasi tidak hanya di Pulau Jawa, namun tersebar di seluruh Nusantara.
Ada 6 trayek angkutan barang perintis (1.474 km) dengan 38 truk. Pelabuhan yang sudah disinggahi Kapal Tol Laut perlu dilengkapi dengan jaringan angkutan barang perintis, supaya harga barang masih tetap terjaga hingga pelosok pedalaman.
Pembangunan Infrastruktur Transportasi Membuka Isolasi Antar Wilayah|sny/otomotif1.com|Wibz/oto1
Pelabuhan Malahayati - Blang Bintang (96 km) dan Pelabuhan Malahayati – Blang Pidie (814 km) di Provinsi Aceh, Selat Lampa – Rabai (72 km) di Pulau Natuna, Pelabuhan Tunon Taka – Kota Nunukan (13 km) di Pulau Nunukan, Pelabuhan Merauke – Boven Digoel (429 km) dan Pelabuhan Pomako – Kota Timika (50 km) di Provinsi Papua Selatan.
Angkutan danau di Danau Toba sudah bisa menjadi percontohan pengelolaan angkutan danau di tempat lain. Pengelolaan angkutan penyeberangan di Danau Toba sudah mengikuti regulasi. Sekitar 20 pelabuhan penyeberangan di Kawasan Dabau Toba dibawah pengelolaan dan pengawasan Kepala Syahbandar dan Operasi Pelabuhan Penyeberangan (KSOPP) Danau Toba.
Keramaian wisatawan tidak hanya di Kota Parapat, namun sudah berkembang ke Kota Balige dan di Pulau Samosir. Dari 13 pelabuhan penyebangan, sebanyak 7 pelabuhan penyeberangan sudah diresmikan (Ajibata, Simanondo, Tigaras, Muara, Marbun Toruan, Tonggin dan Balige) dan 6 sedang dibangun (Ambarita, Sipinggan, Porsea, Silalahi, Onan Rungu dan Sigapiton).
Pembangunan Infrastruktur Transportasi Membuka Isolasi Antar Wilayah|sny/otomotif1.com|Wibz/oto1
Kabupaten Asmat yang termasuk daerah tertinggal, terluar, terdepan, dan perbatasan (3TP) dibangun pelabuhan laut dan bandar udara. Keberadaan Pelabuhan Laut Agats dan Bandara Ewer menambah kunjungan kapal laut dan pesawat terbang.